全身性障害者とは全身に麻痺などの疾病があることです。
ではこの場合における全身とはどこからどこまでをさすのでしょうか？

私の理解している全身とは 両上肢および両下肢（四肢麻痺）と体幹を含みます。
首から上は、全身という範囲に含めなくてもよいのです。

でも厳密な規定はないので、四肢麻痺のみでもこれに含まれるという考え方もあるでしょう。
また、首より上に麻痺のある場合、俗に五肢麻痺と言いますが、当然これも含みます。